Mit den Handzeichen können die Ninja starke Techniken einsetzen. Die meisten Gen- und Ninjutsu beruhen auf der Kombination mehrerer Handzeichen, es gibt dabei aber auch Ausnahmen, wie das Rasengan. Die Handzeichen symbolisieren die Tiere aus dem chinesischen Horoskop. Nur wenige Ninja sind dazu in der Lage, diese Zeichen auch nur einhändig an zu wenden, ein bekannter ist Haku.