Der japanische Schüler Yugi Muto erhält ein altes, ägyptisches, dreidimensionales Puzzle, das niemand zusammensetzen kann und versucht es zu lösen. Dies verändert sein ganzes Leben, denn als er das „Millenniumspuzzle“ zusammensetzt, weckt er den Geist des alten Pharaos, dessen Gedächtnis gelöscht wurde und mit dem er nun einen Körper teilt. Mit Hilfe des Kartenspiels Duel Monsters versuchen Yugi und Yami, wie der Pharaoh angesprochen werden möchte, das verlorene Gedächtnis des Pharaos wiederherzustellen.

Viele böse Mächte sind hinter dem Millenniumspuzzle und seiner Macht her, doch gemeinsam mit seinen Freunden Joey Wheeler, Téa Gardner und Tristan Taylor stellt er sich ihnen entgegen.

Charaktere

Zuerst werden die Namen laut deutschen Manga angegeben , der sich nach den japanischen Originalnamen richtet, jedoch in westlicher Namensreihenfolge (Rufname vor Familienname). Hinter dem Schrägstrich werden die Namen in der deutschen Animefassung angeführt, die sich nach den US-amerikanischen richten.

• Yugi Muto ist für sein Alter (16 Jahre) sehr klein und wird deshalb sehr oft von anderen gehänselt. Er ist immer freundlich und hilfsbereit und er kann mit Yami Yugi durch das Millenniumspuzzle Verbindung aufnehmen. Sein Vater ist immer auf der Suche nach Abenteuern.

• Yami Yugi / Pharao Atem ist ein ca. 3000 Jahre alter  Pharao . Er ist sehr geheimnisvoll und sein Geist lebt im Inneren von Yugis Millenniumspuzzle. In der ersten in Deutschland veröffentlichten Staffel wird am Ende sein Name, Yami, preisgegeben. In der „Doom"-Staffel wird er schlicht Pharao genannt. Im späteren Verlauf des Animes wird sein wahrer Name, Atom, enthüllt.

• Tea Gardner ist die beste Freundin von Yugi. Nach der Schule möchte sie nach New York um dort tanzen zu lernen.

• /Tristan Taylor ist ein Freund von Yugi. Früher hat er zusammen mit Jonouchi Yugi gehänselt. Das änderte sich, als dieser die beiden in einer Schlägerei mit dem Hausmeister ihrer Schule unter Einsatz seines Lebens gerettet hat.

• Joey Wheeler ist Yugis bester Freund und entwickelt sich im Laufe der Handlung zu einem sehr guten Duellanten. Er sorgt sich vor allem um seine Schwester Shizuka  Kawai , die an einer Augenkrankheit leidet.

• Seto Kaiba ist der Besitzer einer ganzen Spielefirma, der Kaiba Corporation, und einer von Yugis Erzfeinden. Sein Bruder Mokuba hält immer zu ihm. Er war der ungeschlagene Meister in Duel Monsters, bis Yugi ihn besiegte. Seto und Mokuba haben einen Autounfall überlebt, wobei ihre Eltern starben. Der große Besitz ihrer Eltern, den sie erben sollten, wurde ihnen von ihren Verwandten weggenommen. Sie wurden als Waisenkinder von Gozaburo Kaiba, dem weltbesten Schachspieler, adoptiert, weil dieser von Seto geschlagen wurde. Seitdem trägt Seto Kaiba auch den Titel „Schachweltmeister". Seto hat unter anderem die drei legendären Karten des Weißen Drachen mit eiskaltem Blick in seinem Deck. In der ersten Serie hat er versucht Yugi und seine Freunde mit dem Projekt Death T zu töten.

• Marik Ishtar  ist eigentlich ein Grabwächter des Pharaos. Jedoch brachte der Wunsch danach, die Außenwelt anstatt seiner unterirdischen Heimat zu sehen, und der Zorn seines Vaters darüber seine dunkle Seite hervor, bekannt als Yami Marik. Yami Marik schickte seinen Vater mit dem Millenniumsstab ins Reich der Schatten, jedoch konnte Rishid (Odion) ihn davon abhalten, noch mehr dorthin zu schicken. Da der Junge am selben Tage Shadi/Schah Dee begegnete, glaubt er, der Pharao hätte seinen Vater getötet - seitdem sinnt er auf Rache. Er will die so genannten „Götterkarten“ in seinen Besitz bringen, um so den Pharao töten zu können und so selbst Pharao beziehunsgweise Weltherrscher zu werden. Seine ältere Schwester Ishizu Ishtar ist im Besitz der Millenniumskette. Yami Marik wird dann zum Vorschein kommen, wenn Odion einmal nicht mehr ist. Da aber Marik mittlerweile nicht mehr von ihm unterdrückt wird ist dies äußerst unwahrscheinlich.

• Bakura  selbst ist ein Freund von Yugi. Allerdings ist er im Besitz des Millenniumsrings, dessen böser Geist (Yami Bakura), ein ca. 3000  Jahre alter Grabräuber, immer wieder von ihm Besitz ergreift. Dieser Geist will alle Millenniumsgegenstände an sich reißen, um die Weltherrschaft zu erlangen. Aus seiner Familie ist nur bekannt, dass er eine Schwester namens Amane hatte, die bei einem Autounfall ums leben kam. Bakura schreibt ihr dennoch regelmäßig Briefe als wäre sie noch am leben. Sein Vater ist Archäologe. Dieser hat den Millenniumsring auf einem ägyptischen Basar erstanden und später seinem Sohn geschenkt.

• Maximillion Pegasus ist der Erfinder von Duel Monsters. Er veranstaltete ein Turnier im Königreich der Duellanten, weil er alle Millenniumsgegenstände haben wollte um seine geliebte Verlobte Cecelia wieder zu beleben. Sein Millenniumsauge ist sein wertvollster Besitz. Durch diesen Millenniumsgegenstand kann er die Gedanken anderer lesen und Seelen in Karten einsperren. Er verliert das Millenniumsauge in einem Spiel der Schatten gegen den Geist des Millenniumsrings .